Pôvodný kostol s farou sa v roku 1551 spomínajú ako pusté. Apponyiovci nechali v roku 1609 postaviť oproti svojmu novému kaštieľu drevený kostol, ktorý spočiatku využívali protestanti. Až neskôr sa v ňom každú druhú nedeľu konali aj katolícke obrady. Na mieste dreveného predchodcu sa v roku 1663 začala výstavba murovaného kostola. Jablonice sa vážne dotýkali nepokojné časy tureckých vojen a stavovských povstaní. Najvážnejšie sa zapísalo povstanie Františka Rákoczyho, kedy v roku 1704 v Jablonici a v okolí prebiehali ťažké boje medzi povstalcami a cisárskym vojskom. Aj to bolo azda dôvodom ku stavbe nového kostola, ktorá sa začala v roku 1729 a trvala 6 rokov. V roku 1736 bol kostol požehnaný barónom Adamom Majthényim, opátom a ostrihomským kanonikom. V roku 1817 dostal kostol "nový" mobiliár v podobe barokových oltárov prenesených z chátrajúceho a opusteného kláštora a kostola svätej Kataríny. Od začiatku 19. storočia slúži kostolná krypta ako miesto posledného odpočinku rodiny Apponyiovcov.