Archeologický výskum v okolí kostola sa uskutočnil v roku 1964. Ďalší výskum zameraný nielen na archeológiu, ale aj na stavebný vývoj kostola prebiehal dlhodobo od roku 1994. Tento výskum v roku 2004 odkryl hroby obsahujúce veľkomoravské šperky. V súvislosti s možnými variantami obnovy tohto unikátneho kostolíka som na stránke http://www.mikulcice-valy.info/default.asp?cont=113 naďabil na veľmi zaujímavý článok, ktorý je veľmi obsiahly, ale jedna časť sa týka navrhovanej prezentácie kostolíka. Konkrétny výňatok, týkajúci sa kostolíka je tu:
"Způsob prezentace velkomoravského kostela je v současnosti ve stadiu výzkumů. Vzhledem na stanovenou filozofii archeologického parku je možno na jedné straně některé metody prezentace navrhnout definitivně, ale na straně druhé jiné jen předpokládat. Vzhledem na současný stav výzkumů je možno uzavřít názor na prezentaci částí architektury velkomoravského kostela, nacházející se pod terénem. Jedná se o části základového zdiva nartexu se zděným objektem jámy. V kontextu s navrhovanou korekcí prezentace replik zdiva kostela v rámci velkomoravského hradiště Valy, je zde navržena představení nartexu v celém rozsahu půdorysu nartexu. Základ by byl (podobně jako na české straně) vyzděný do výšky cca 25 cm z lomového kamene. Objekt jámy bude překryt kamennou plotnou, vnitřní část nartexu bude vysypána pískem nebo dobrým štěrkem¨. Nadzemní zdivo kostela je třeba vnímat v kontextu všech stavebních úprav, kterými kostel prošel. Hlavní rámcovou metodou obnovy je maximální prezentace raněstředověké kulturní vrstvy. Nedávno se realizovala metoda obnovy, která analytickou metodou prezentuje také mladší etapy objektu. Předpokládá se, že když se bude objekt prezentovat ve velkomoravském výrazu, bude třeba omezit účinek dalších zásahů. Prezentaci středověkých analytických sond bude třeba potlačit v čase i struktuře. Když se v rámci prezentace bude akceptovat střecha ze čtvrté – barokní stavební etapy, je výhledově třeba plánovat výměnu současné krytiny za keramickou, taženou, se špičatým ukončením, typickou pro tento region minimálně od 19. století, když ne ještě spíše. Návrh prezentace hřbitova Vzhledem ke skutečnosti, že o lokalitě hřbitova neexistuje dostatek informací, byla by prezentace hřbitova minimalizovaná a spočívala by v umístění zachovalého náhrobního kamene v JZ části území, proti vyústění navazující naučné stezky v severní části lokality. Území kolem kostela je tak, jako i ostatní plocha archeologického parku, zatravněné. Prostor před západním průčelím kostela je otevřený a je vnímán jako shromažďovací plocha před kostelem, využívaný v čase konání příležitostních bohoslužeb.
Funkční využití lokality
V rámci funkčního využití lokality se počítá s pořádáním bohoslužeb komorního charakteru uvnitř kostela. Pro účely bohoslužeb je pro kněžské zázemí navržena hospodářská přístavba v areálu Kačenárně, Kromě sakristie se zde počítá také se skladem příležitostného nábytku pro bohoslužby. V případě exteriérových bohoslužeb se počítá s umístěním přenosného oltáře na obnoveném nartexe. Věřící by se shromáždili před západním průčelím kostela. Tyto bohoslužby jsou spojené s poutí. Infrastruktura V rámci kostela je možno počítat s podpovrchovým přívodem elektrického vedení, které bude třeba přivést také do areálu Kačenárně.
Připojením elektrického proudu by bylo možné zvažovat osvětlení kostela uvnitř i zvenčí."